QUESTIONS ISRAELO PALESTINIENNES
Ses mandats de maire d'Évry et de président de la communauté d'agglomération Évry Centre Essonne sont marqués par un engagement appuyé en faveur de la cause palestinienne jusqu'en 2010. À l'occasion du jumelage de sa ville avec le camp de Khan Younès en 2002, il reçoit Leïla Shahid, alors déléguée de la Palestine en France. En novembre de la même année, il dénonce « la colonisation qui viole le droit international ». Par ailleurs, les « Six heures pour la Palestine » se tiennent chaque année à Évry. En 2004, il est l'un des premiers signataires d'un texte qui fait polémique au sein du PS, et dont il dit lui-même qu'il porte « un regard sévère sur le gouvernement Sharon ». Durant la XIIe législature, il est vice-président du groupe d'études à vocation internationale sur les territoires autonomes palestiniens à l'Assemblée nationale. Il en est membre durant la XIIIe législature.
En 2010, il se montre finalement réticent à soutenir des manifestations pro-palestiniennes dans sa ville. En avril 2011, il interdit un débat soutenu par le collectif Palestine-Évry Essonne qui devait se tenir après la projection du documentaire Gaza-strophe, Palestine à Ris-Orangis. Il explique que ledit collectif aurait des thèses « assez radicales » et estime que les conditions (l'assassinat récent d'une famille israélienne à Gaza) ne se prêtent pas à un tel débat. Il supprime également la subvention que la Ville d'Évry versait à Évry Palestine et cherche à jumeler sa commune à une ville israélienne. Le 24 septembre 2011, interrogé sur I-Télé et Europe 1, il exprime son opposition à la demande de reconnaissance de la Palestine à l'ONU : s'il se dit favorable à la création d'un État palestinien, il juge que les conditions ne sont pas réunies et dénonce, dans les mêmes termes que ceux du Premier ministre israélien Benyamin Netanyahou, un acte « unilatéral ». Si plusieurs observateurs au PS expliquent ce changement par ses ambitions politiques nationales naissantes - il est candidat à la primaire à gauche pour la présidentielle en 2011 -, l'intéressé dément tout revirement.
En juillet 2014, dans le contexte de l'opération Bordure protectrice, il condamne des débordements autour de certaines synagogues et déclare que la France « ne tolérera jamais que l'on essaie par la violence des mots ou des actes d'importer sur son sol le conflit israélo-palestinien ». Il ajoute que la position adoptée par la France à cette occasion « est équilibrée. Israël a le droit à sa sécurité dans des frontières sûres et reconnues et les Palestiniens ont le droit de vivre dans un État libre et viable. (...) La France demande depuis le début un cessez-le-feu immédiat ». Il déclare par ailleurs qu'Europe Écologie Les Verts et l'extrême-gauche, qui participent aux manifestations soutenant la bande de Gaza, « ont un problème avec Israël ».
Par ailleurs, il s'oppose au boycott d'Israël, défendu par les militants pro-palestiniens, qu'il qualifie « d'arme indigne » et « d'aberration ». Il estime plus globalement que « la politique du gouvernement israélien doit être critiquée mais jamais sur sa légitimité et encore moins sur son existence ; aucun État n'est à ce point menacé ». Il estime que l'arrêt de la colonisation israélienne dans les territoires palestiniens est un « impératif ».
Après l'adoption par l'UNESCO, le 16 avril 2016, d'une résolution, votée par la France, protestant contre des travaux entamés par Israël dans la vieille ville de Jérusalem, Manuel Valls déclare le 11 mai, en séance publique à l'Assemblée, que « ce vote n'aurait pas dû avoir lieu ». Denis Sieffert interprète cette déclaration comme un désaveu de François Hollande qui avait réaffirmé quelques jours plus tôt que « rien dans le vote de la France ne doit être interprété comme une remise en cause de la présence et de l'histoire juives à Jérusalem ».